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生物数学・数理生物学 [無断転載禁止]©2ch.net
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0001１３２人目の素数さん
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2016/12/05(月) 02:20:57.82ID:OfgM9MmV
生物学者は悲しいほど数学が分からないし、数学屋も生物学（実験科学）がどんなものか全く理解していない
それでも領野を超えればきっと革新的な何かが生まれるに違いない、という信念で不慣れなことを勉強してみる
そんな勇者たちが集う学問のスレ
0011１３２人目の素数さん
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2016/12/05(月) 12:01:04.94ID:udr/pXXv
生物板の似たようなスレを見てみたがなかなか状況は険しそうだ
そもそも数理的手法に学界全体として理解がないし、数理＝統計というレベル
ただ、分子動力学計算からマルチオミクスまで最近の生物学関連の解析には膨大量のデータ処理が必要でそのための数学は潜在的にかなり需要がある
0022１３２人目の素数さん
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2016/12/05(月) 14:53:55.63ID:YymCg1Ei
生物板を見てみたけど、数学板以上に終わってんな
小保方関連ばっかりじゃねえか
0033１３２人目の素数さん
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2016/12/05(月) 19:14:56.79ID:qclxRIwX
>>22
ここはまだ中高生がお受験やら数オリの話題で来るからいいけど、生物板はその需要もなくて完全に廃墟だね
パッと見、非小保方系のスレで一番レスついてるのが何故か生物板にもある増田哲也スレだから相当悲惨
0044１３２人目の素数さん
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2016/12/06(火) 14:12:52.56ID:lo8YRNli
数理生物学って集団遺伝学とか疫病などの伝播とか生態学への数理的アプローチとか
確率（過程）論や統計学の手法で生物学に関連する問題を研究するってイメージがあって
かなり狭く感じるんだけど、昔、Robert Rosenなんかがやってたのとか、それを引き継いだらしい
Louieなんかの定性的というか「生命って要するに何なの？　どう特徴づけるべきなの？」的な
根本的な問いを研究するのって最近はどうなってるの？
0047１３２人目の素数さん
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2016/12/07(水) 17:50:53.27ID:zG1NDiye
＞「生命って要するに何なの？　どう特徴づけるべきなの？」的な根本的な問いを研究
数学の出番あるの？
0048１３２人目の素数さん
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2016/12/07(水) 20:43:13.55ID:1CipfUPE
自己保存という再帰的自己言及的な構造で
エントロピーを外に吐き出しながら維持される秩序の一類型だから数理的な対象に決まっている
0049１３２人目の素数さん
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2016/12/08(木) 01:49:45.31ID:QfzfptW0
>>47
圏論を使って特徴づけるみたい
それでRosenらはその分野をTheoretical Biologyと呼んでいた
0051１３２人目の素数さん
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2016/12/09(金) 00:19:17.35ID:3mZ9ShUz
>>50
まあ生物のDNAなんて正に情報の複製・伝達だし複製時の間違いの修正でやってることも
情報科学の一分野の符号理論でのエラー訂正の実装みたいなものだしね

今のプログラム内蔵式のコンピュータを着想したフォン・ノイマンは生物にヒントを得て
自己増殖オートマトンなんてのを考察して、それはより一般的にセル・オートマトンとして
情報科学で研究されてきたし

そういう意味では君の感想通り生命の理論的な考察と情報科学とはかなりアイデアとかで近い分野だと思う
0052１３２人目の素数さん
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2016/12/09(金) 00:26:35.08ID:4Krs504K
力学系かな
0053１３２人目の素数さん
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2016/12/10(土) 10:46:35.14ID:mkTZwwHW
三村なんとか言う人が書いたか監修したかの本
読んでみ。応用物理だよ
実験嫌いでコンピュータ好きの
プログラマーくずれの発想なんかどこにもない
0054１３２人目の素数さん
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2016/12/10(土) 15:05:31.01ID:BwtxsKEK
「三村なんとか言う人が書いたか監修したかの本」か
参考になるなあ
0056１３２人目の素数さん
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2016/12/10(土) 16:52:02.01ID:5HdnYMvz
>>52
> 力学系かな

そういえばRosenが生物学への力学系の応用の本を書いてたよね
（日本語訳も出てたがずっと品切れ放置状態）

>>53
まあそういう風に決めつける必要はないというか逆にマイナスだと思うがね

生物学は様々な側面を持っているから生物学への数学の応用もそれら側面の各々で全然違った数学分野や理論が有効となり得る
君が言ってるような生物物理的な研究での数学の活用ももちろんあるだろうし
上に書いたRosenは発生に関して力学系の理論を適用していた

集団遺伝学や疫病の伝播のような確率過程の発想が不可欠な分野もある
チューリングが晩年に生物学に転じた際には発生に興味があったようだが
生物の表皮の模様が発生・成長の過程でどのように形成されるかの説明に拡散方程式の理論を活用した
遺伝情報の問題となれば情報論的な着想が役に立つ
実際、情報理論の祖であるシャノンの学位論文は遺伝に関するものだったというのを彼の論文集で知った時は少し驚いた
（シャノンはもっと電気工学的な方面の人間だと何となく勝手に想像してたもので）
0058１３２人目の素数さん
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2016/12/11(日) 03:58:46.24ID:yecNigup
>>57
> ならば正規表現ももと「生物学」由来というのを

正規表現が生物学由来というのは初耳だ
もう少し詳しく具体的に（文献とか出典の情報）を教えてくれるとありがたい
宜しく頼みます
0059１３２人目の素数さん
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2016/12/11(日) 14:02:17.21ID:4quEXoeX
linux unixのただの ユーザだけど,
最初は雑誌で見て、「えぇっ」と思った。
「正規表現」「由来」で検索してみて。
0060１３２人目の素数さん
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2016/12/11(日) 14:05:12.81ID:4quEXoeX
>>56
ノーベル化学賞の田中さんは電気出身な
intel cpu の先祖　設計した人　化学出身な
0061１３２人目の素数さん
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2016/12/11(日) 18:28:38.88ID:yecNigup
>>59
ありがとう
なるほど、論理学者のKleeneが正規表現を最初に考えたというのはさもありなん、なので驚きはないんだが
その元々の動機が生物学か医学の研究者たちが研究してた神経回路網でのイベントの列を記述したいということにあったのは全く知らなかった

そうそう、正規表現で思い出したんだが、そういう形式言語理論の生物学への応用としては
リンデンメイヤーシステム（Lindenmayer System, しばしばL-systemと呼ぶ）ってのがあって
生物の発生・発達でも特に植物などでの枝が規則的に分かれるのを一種の形式文法（というか言語を生成する系としての文法）で
記述しようってアイデアがあってそれなりに研究者はいる（あるいは過去にはいた）みたいだね

そのL-systemで書かれた様々な生成系で実際にCGの世界で仮想的な植物を作り出したのを集めて
Algorithmic Beauty of Plantsなんて本（Springer社刊）も出てたはず
（他にもAlgorithmic Beauty of シリーズには貝殻とその模様の形成を扱った ～ Sea Shells とか海綿や珊瑚等の形成を取り上げた巻とかあったはず）
0063１３２人目の素数さん
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2016/12/12(月) 01:32:13.94ID:6xH1eNPq
>>62
だから生物の発生とかの理解に有用な数理的なモデルを考えるのは立派に数理生物学だと思うよ。
それでL-systemなんかはTuringの模様形成の数理モデルなんかと同じくそういう意味で数理生物学の成果と言える。
実際、そういった形態形成モデルを際限なく適用しちゃうと本物のフラクタルになってしまうからリアリティはなくなるが
ある有限な段階までは生物でも実際にフラクタル的というか自己相似的な形態形成が起こるのはシダの葉なんかで見られる通り。

数学や物理学の理論を生物学に適用する場合には何らかの理想化や一般化のようなことが多くの場合に必要になるが
だからと言って、そういう理想化や一般化された数理モデルは生物学でないとは言えない。

（そもそも種の概念だって一種の理想化が入ってるだろ。図鑑なら図鑑に書いてある特徴は種の多くの個体が共有してる特徴ではあるが
その種の全ての個体が共有しているとは限らないし逆にその種の個体には図鑑に書いてない様々な特徴も持ってたりするじゃないか）
0065１３２人目の素数さん
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2017/01/20(金) 20:00:49.46ID:HESC24Vv
理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 : 千日ブログ ～雑学とニュース～
http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html

税金の無駄遣い？STAP細胞関連経費1億4500万円 小保方晴子氏の検証実験参加は不要だったで書いた理研の税金の無駄使い。

　実は小保方晴子さんらのSTAP細胞関連だけでなく、別の問題にも触れられていました。扱いが小さかったんですけど、こちらもすごく問題だと思います。


(中略)


●本来なら大問題である税金の無駄遣い

　この高級家具の件は、小保方晴子さんが買ったのでは？と、STAP細胞疑惑のときにいっしょに話題になったものです。しかし、すぐに東大教授になった別の方のところで購入したものだと、断定されていました。

　違っていたら困りますし、名前を出しちゃうとあれかな？と思うので書きませんが、「カッシーナ・イクスシー　東大教授」あたりで検索すると簡単に出ます。もうあだ名が「カッシーナ」という感じになっていました。

　「計２８８個の穴があること」など、実質的に特定のブランド以外を排除した購入など認められるはずがないものであり、本来なら非常に問題です。これは小保方さん問題以上に返金を求めやすくないですかね？

　マスコミはこっちの問題ももっと追求すべきだと思います。
0066１３２人目の素数さん
垢版 |
2017/02/10(金) 02:27:07.04ID:W64LSqyO
正規表現だけどwikipedia見てもとても生物と関係しているとは思えない。
チョムスキーは言語学者だし。
やっぱりその分野の本を読み込むのが一番。
0067１３２人目の素数さん
垢版 |
2017/07/21(金) 22:46:58.48ID:TROq1Jv/
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