生物数学・数理生物学 [無断転載禁止]©2ch.net

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0001132人目の素数さん2016/12/05(月) 02:20:57.82ID:OfgM9MmV
生物学者は悲しいほど数学が分からないし、数学屋も生物学(実験科学)がどんなものか全く理解していない
それでも領野を超えればきっと革新的な何かが生まれるに違いない、という信念で不慣れなことを勉強してみる
そんな勇者たちが集う学問のスレ

0017◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 12:06:02.87ID:bn4bYe8l

0018◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 12:06:18.17ID:bn4bYe8l

0019◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 12:06:35.34ID:bn4bYe8l

0020◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 12:06:54.86ID:bn4bYe8l

0021◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 12:07:15.72ID:bn4bYe8l

0022132人目の素数さん2016/12/05(月) 14:53:55.63ID:YymCg1Ei
生物板を見てみたけど、数学板以上に終わってんな
小保方関連ばっかりじゃねえか

0023◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:14:35.26ID:bn4bYe8l

0024◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:14:54.08ID:bn4bYe8l

0025◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:15:11.97ID:bn4bYe8l

0026◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:15:28.36ID:bn4bYe8l

0027◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:15:46.45ID:bn4bYe8l

0028◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:16:03.78ID:bn4bYe8l

0029◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:16:19.28ID:bn4bYe8l

0030◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:16:37.06ID:bn4bYe8l

0031◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:16:54.89ID:bn4bYe8l

0032◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 15:17:13.20ID:bn4bYe8l

0033132人目の素数さん2016/12/05(月) 19:14:56.79ID:qclxRIwX
>>22
ここはまだ中高生がお受験やら数オリの話題で来るからいいけど、生物板はその需要もなくて完全に廃墟だね
パッと見、非小保方系のスレで一番レスついてるのが何故か生物板にもある増田哲也スレだから相当悲惨

0034◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:36:34.90ID:bn4bYe8l

0035◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:36:52.11ID:bn4bYe8l

0036◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:37:10.24ID:bn4bYe8l

0037◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:37:28.09ID:bn4bYe8l

0038◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:37:44.80ID:bn4bYe8l

0039◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:38:02.68ID:bn4bYe8l

0040◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:38:20.44ID:bn4bYe8l

0041◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:38:41.94ID:bn4bYe8l

0042◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:39:00.71ID:bn4bYe8l

0043◆2VB8wsVUoo 2016/12/05(月) 19:39:18.35ID:bn4bYe8l

0044132人目の素数さん2016/12/06(火) 14:12:52.56ID:lo8YRNli
数理生物学って集団遺伝学とか疫病などの伝播とか生態学への数理的アプローチとか
確率(過程)論や統計学の手法で生物学に関連する問題を研究するってイメージがあって
かなり狭く感じるんだけど、昔、Robert Rosenなんかがやってたのとか、それを引き継いだらしい
Louieなんかの定性的というか「生命って要するに何なの? どう特徴づけるべきなの?」的な
根本的な問いを研究するのって最近はどうなってるの?

0045◆2VB8wsVUoo 2016/12/06(火) 14:52:03.08ID:3m1l5M8t

0046◆2VB8wsVUoo 2016/12/06(火) 15:05:12.40ID:3m1l5M8t

0047132人目の素数さん2016/12/07(水) 17:50:53.27ID:zG1NDiye
>「生命って要するに何なの? どう特徴づけるべきなの?」的な根本的な問いを研究
数学の出番あるの?

0048132人目の素数さん2016/12/07(水) 20:43:13.55ID:1CipfUPE
自己保存という再帰的自己言及的な構造で
エントロピーを外に吐き出しながら維持される秩序の一類型だから数理的な対象に決まっている

0049132人目の素数さん2016/12/08(木) 01:49:45.31ID:QfzfptW0
>>47
圏論を使って特徴づけるみたい
それでRosenらはその分野をTheoretical Biologyと呼んでいた

0050132人目の素数さん2016/12/08(木) 13:10:19.40ID:xOOQTJLK
生物学っていうより情報科学みたいなんだな

0051132人目の素数さん2016/12/09(金) 00:19:17.35ID:3mZ9ShUz
>>50
まあ生物のDNAなんて正に情報の複製・伝達だし複製時の間違いの修正でやってることも
情報科学の一分野の符号理論でのエラー訂正の実装みたいなものだしね

今のプログラム内蔵式のコンピュータを着想したフォン・ノイマンは生物にヒントを得て
自己増殖オートマトンなんてのを考察して、それはより一般的にセル・オートマトンとして
情報科学で研究されてきたし

そういう意味では君の感想通り生命の理論的な考察と情報科学とはかなりアイデアとかで近い分野だと思う

0052132人目の素数さん2016/12/09(金) 00:26:35.08ID:4Krs504K
力学系かな

0053132人目の素数さん2016/12/10(土) 10:46:35.14ID:mkTZwwHW
三村なんとか言う人が書いたか監修したかの本
読んでみ。応用物理だよ
実験嫌いでコンピュータ好きの
プログラマーくずれの発想なんかどこにもない

0054132人目の素数さん2016/12/10(土) 15:05:31.01ID:BwtxsKEK
「三村なんとか言う人が書いたか監修したかの本」か
参考になるなあ

0055132人目の素数さん2016/12/10(土) 16:38:54.28ID:mxkHCqEo
せめて発行年を

0056132人目の素数さん2016/12/10(土) 16:52:02.01ID:5HdnYMvz
>>52
> 力学系かな

そういえばRosenが生物学への力学系の応用の本を書いてたよね
(日本語訳も出てたがずっと品切れ放置状態)

>>53
まあそういう風に決めつける必要はないというか逆にマイナスだと思うがね

生物学は様々な側面を持っているから生物学への数学の応用もそれら側面の各々で全然違った数学分野や理論が有効となり得る
君が言ってるような生物物理的な研究での数学の活用ももちろんあるだろうし
上に書いたRosenは発生に関して力学系の理論を適用していた

集団遺伝学や疫病の伝播のような確率過程の発想が不可欠な分野もある
チューリングが晩年に生物学に転じた際には発生に興味があったようだが
生物の表皮の模様が発生・成長の過程でどのように形成されるかの説明に拡散方程式の理論を活用した
遺伝情報の問題となれば情報論的な着想が役に立つ
実際、情報理論の祖であるシャノンの学位論文は遺伝に関するものだったというのを彼の論文集で知った時は少し驚いた
(シャノンはもっと電気工学的な方面の人間だと何となく勝手に想像してたもので)

0057132人目の素数さん2016/12/10(土) 20:04:09.74ID:mkTZwwHW
>>56
ならば正規表現ももと「生物学」由来というのを
知ってびっくりした。

0058132人目の素数さん2016/12/11(日) 03:58:46.24ID:yecNigup
>>57
> ならば正規表現ももと「生物学」由来というのを

正規表現が生物学由来というのは初耳だ
もう少し詳しく具体的に(文献とか出典の情報)を教えてくれるとありがたい
宜しく頼みます

0059132人目の素数さん2016/12/11(日) 14:02:17.21ID:4quEXoeX
linux unixのただの ユーザだけど,
最初は雑誌で見て、「えぇっ」と思った。
「正規表現」「由来」で検索してみて。

0060132人目の素数さん2016/12/11(日) 14:05:12.81ID:4quEXoeX
>>56
ノーベル化学賞の田中さんは電気出身な
intel cpu の先祖 設計した人 化学出身な

0061132人目の素数さん2016/12/11(日) 18:28:38.88ID:yecNigup
>>59
ありがとう
なるほど、論理学者のKleeneが正規表現を最初に考えたというのはさもありなん、なので驚きはないんだが
その元々の動機が生物学か医学の研究者たちが研究してた神経回路網でのイベントの列を記述したいということにあったのは全く知らなかった

そうそう、正規表現で思い出したんだが、そういう形式言語理論の生物学への応用としては
リンデンメイヤーシステム(Lindenmayer System, しばしばL-systemと呼ぶ)ってのがあって
生物の発生・発達でも特に植物などでの枝が規則的に分かれるのを一種の形式文法(というか言語を生成する系としての文法)で
記述しようってアイデアがあってそれなりに研究者はいる(あるいは過去にはいた)みたいだね

そのL-systemで書かれた様々な生成系で実際にCGの世界で仮想的な植物を作り出したのを集めて
Algorithmic Beauty of Plantsなんて本(Springer社刊)も出てたはず
(他にもAlgorithmic Beauty of シリーズには貝殻とその模様の形成を扱った 〜 Sea Shells とか海綿や珊瑚等の形成を取り上げた巻とかあったはず)

0062132人目の素数さん2016/12/11(日) 21:19:23.61ID:4quEXoeX
数理生物学はあくまで生物学な

0063132人目の素数さん2016/12/12(月) 01:32:13.94ID:6xH1eNPq
>>62
だから生物の発生とかの理解に有用な数理的なモデルを考えるのは立派に数理生物学だと思うよ。
それでL-systemなんかはTuringの模様形成の数理モデルなんかと同じくそういう意味で数理生物学の成果と言える。
実際、そういった形態形成モデルを際限なく適用しちゃうと本物のフラクタルになってしまうからリアリティはなくなるが
ある有限な段階までは生物でも実際にフラクタル的というか自己相似的な形態形成が起こるのはシダの葉なんかで見られる通り。

数学や物理学の理論を生物学に適用する場合には何らかの理想化や一般化のようなことが多くの場合に必要になるが
だからと言って、そういう理想化や一般化された数理モデルは生物学でないとは言えない。

(そもそも種の概念だって一種の理想化が入ってるだろ。図鑑なら図鑑に書いてある特徴は種の多くの個体が共有してる特徴ではあるが
その種の全ての個体が共有しているとは限らないし逆にその種の個体には図鑑に書いてない様々な特徴も持ってたりするじゃないか)

0064132人目の素数さん2016/12/12(月) 22:49:54.65ID:SXn8CP45
チューリング・パターンは化学な

0065132人目の素数さん2017/01/20(金) 20:00:49.46ID:HESC24Vv
理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 : 千日ブログ 〜雑学とニュース〜
http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html

税金の無駄遣い?STAP細胞関連経費1億4500万円 小保方晴子氏の検証実験参加は不要だったで書いた理研の税金の無駄使い。

 実は小保方晴子さんらのSTAP細胞関連だけでなく、別の問題にも触れられていました。扱いが小さかったんですけど、こちらもすごく問題だと思います。


(中略)


●本来なら大問題である税金の無駄遣い

 この高級家具の件は、小保方晴子さんが買ったのでは?と、STAP細胞疑惑のときにいっしょに話題になったものです。しかし、すぐに東大教授になった別の方のところで購入したものだと、断定されていました。

 違っていたら困りますし、名前を出しちゃうとあれかな?と思うので書きませんが、「カッシーナ・イクスシー 東大教授」あたりで検索すると簡単に出ます。もうあだ名が「カッシーナ」という感じになっていました。

 「計288個の穴があること」など、実質的に特定のブランド以外を排除した購入など認められるはずがないものであり、本来なら非常に問題です。これは小保方さん問題以上に返金を求めやすくないですかね?

 マスコミはこっちの問題ももっと追求すべきだと思います。

0066132人目の素数さん2017/02/10(金) 02:27:07.04ID:W64LSqyO
正規表現だけどwikipedia見てもとても生物と関係しているとは思えない。
チョムスキーは言語学者だし。
やっぱりその分野の本を読み込むのが一番。

0067132人目の素数さん2017/07/21(金) 22:46:58.48ID:TROq1Jv/
☆ 日本人の婚姻数と出生数を増やしましょう。そのためには、☆
@ 公的年金と生活保護を段階的に廃止して、満18歳以上の日本人に、
ベーシックインカムの導入は必須です。月額約60000円位ならば、廃止すれば
財源的には可能です。ベーシックインカム、でぜひググってみてください。
A 人工子宮は、既に完成しています。独身でも自分の赤ちゃんが欲しい方々へ。
人工子宮、でぜひググってみてください。日本のために、お願い致します。☆☆

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