> 違いはユーザーインターフェース、計算速度であって、結果は同じはず。

全部が同じとは限らないはず。例えばLTspiceの紹介文には
「スイッチング・レギュレータのシミュレーションを
　従来のSpiceと比べて大幅に高速化している」
とあるので、その場合のシミュレーション・アルゴリズムは
従来とは異なるものを使っていると考えられる。

従来のSpiceとLTspicのシミュレーション誤差が、
どちらも十分に小さければ「結果は変わらない」と言えるが、
一方の誤差が大きければ違いとなって現れる。