http://gigazine.net/news/20150721-human-not-99percent-chimp/

>つまり、人間の25％のゲノムとチンパンジーの18％のゲノムを無視して、残りの部分だけを比較して出されたのが
>「人間とチンパンジーはDNAが99％一致している」という99％一致説なのです。

99%一致しているというのに異論があるという話であって、それはその通りです。
残りの部分を合致していないとして合致率を計算しなおせばよいだけの話ですね。