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オオカミとヤマイヌの二種説
(参考 : mtDNAによる遺伝子解析でも同一クラスター内で2つのグループを形成)
@ 冬毛と夏毛の違いで別の動物に見えた。
A 各地域の個体群が生息地域分断で独自にし進化した。
B 過去にあった複数回の氷河期毎に大陸で徐々に進化した個体群が別々の時期に渡来した。
C 野犬や山棲犬との交雑。

などいろいろ考えられますよね。何が真実なのか?