ネアンデルタール人のゲノム解析の研究などは進んでる
http://www.geocities.jp/reborn_i131/skikou107.html

４０万年前の化石からもDNA抽出可能
http://newsphere.jp/world-report/20131206-1/

さしもに恐竜化石からは難しいみたいだが
何の動物に近いかはわかる程度には解明出来たケースがある
http://www.itmedia.co.jp/anchordesk/articles/0706/08/news043.html

ちなみにニホンオオカミのmtDNA抽出は、骨にドリルで穴を開け
劣化の進んでない骨粉を得ることでなされた
日本にいたオオカミの遺伝子解明がどこまで進むかは
今後の研究と運次第