貝塚では貝の炭酸カルシウムのおかげで酸性土壌が中和されるから保存状態の良い骨がよく出土するらしい
だからこの場合、日本は化石が残りにくい云々というのは余り関係ないだろう
現に貝塚からは、オオカミやオオヤマネコ含む本邦の大型哺乳類の知られている限り全てが出土してる
銃のない時代にオオヤマネコを狩ることのできる狩猟採集民がヤマネコ(ベンガルヤマネコ？)やドールを狩れなかったとは考えにくいし、貝塚で出土しない程数が少なかったとしたら江戸時代まで一万年近くも血脈を繋ぐのは難しいのではないか？
よって少なくともドールやヤマネコは居なかったのではと思う
数十万年前の話なら別だが