メソニクスは後脚の骨の特徴から他の偶蹄類(クジラの祖先含む)の共通の特徴がないので
偶蹄類とは近縁ではあるが現生偶蹄類の祖先とはまず最初に分岐したということらしい。

具体的には偶蹄類はどれも後脚の距骨の上下端に滑車状の構造を持ってるんだが
(鯨の祖先も後肢がある段階ではそうだったのが化石で判明)
メソニクスにはこれがないという点が決定的だったようだ。