大豆サポニンは大豆を茹でることによって失われ、発酵によってさらに失われる。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/nskkk1962/35/12/35_12_866/_pdf

だから味噌にサポニンはほとんど含まれない。（乾物重量当たり 1mg/g 程度）
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jbrewsocjapan1988/87/1/87_1_29/_pdf