ＲＸという作品世界内でのダスマダーと皇帝に関する設定とか知らんが、
ダスマダー役の松井さんはマスクも良いし生身のアクションできる俳優だから、
プロデューサとかの判断で『最後に松井くんにもそれなり見せ場を作ってあげよう』となって
ダスマダー＝皇帝ということになったんじゃないかなと推測。

最終回、クライシス要塞・司令室でのダスマダー対ＲＸの長回し撮影は、
松井さんのアクションも見せてあげようという配慮もあったんじゃないかな。