神がいたとして
苦しむ人の祈りを無視する理由として考えられるのは

1.神に祈りは聞こえてない届いてない
2.聞こえているけど神は人間に興味がない（ゴロ寝鼻ホジ）
3.神が意図して人間を苦しめている

1と2の場合、神はどうしようもないクソアホだった（完）
3だった場合、人が気づいていないだけで実はこの世界は宗教が説くところの地獄に該当する場所だったということになる
そしてさらなる問題が出てくる
死んだら苦しみは終わるのか続くのか、軽減されるのか変わらないのかさらに悪化するのか