病気休暇（普通は90日以内）であれば職歴証明書に休職とは記載されないはず。
ちなみに民間→市役所に転職したが、民間時代に半年休職したのに職歴証明書には
休職のことは一切記載されておらずセーフだった。市役所には既往歴なしで申告してたしね。
たぶん今は個人情報とかうるさいし、そういう事は記載しないところが多いと思うが。