画像梱包でそうなるってことは大元のjpgが回転してるので他の無劣化抽出ソフト使っても同じかと
（PDFには画像加工せず回転情報だけ記憶して表示時に回転させる機能があるので
リーダーで見てる状態が真だとは限らない）

「見たまんま」が欲しいなら無劣化にこだわらず jpg変換ソフト を探す
無劣化にこだわるなら取出し後用に 無劣化で回転ソフト を探す

無劣化ならRalphaのJpegTranモードなどでできる