自炊ルーチンとしてどう処理してるのかわからないから何とも言えないが、
白背景に対して原稿が浮いていることにより発生する影が
サイズ判別の機能に影響してるってことかな？
塗りつぶすか多めにトリミングするかしか無いのは仕方がないのでは。

黒背景の機種なら影は出ないが、アナログからの自動取り込みなんだし
4辺垂直水平はまず無理とするとどこかしらに背景が残る。
結局は多めにトリミングするか塗りつぶすしかない。