>>231
データシート見る限り、間違えてその様な出力になる事は考えにくいので
プリスケーラ―の設定以外での原因を疑った方が良いと思う

PWM周波数の計測手段はどんな感じで行ってますか？
もしかしたら、１周期のパルスを２回分カウントしてるかもしれない

例えば周波数はそのままで、デューティ比を短い・長い・中間などでも同じ結果なのか
PWM -> LPF -> 計測機 のように、フィルターをいれてみるとか