タスクマネージャーで、起動してる（けど見えない）シリアルモニタウインドウを最大化したら見えるようになりました。
最大化をやめたらまたすぐ消えたんですが、少しいじっている間に直りました。
原因が分かりませんでしたが、とりあえず良かったです。