すまん、別のボード/ツールと混同してた
EEPROM書き換えられないんだな
でもConfigurations.hを書き換えたら
その値が反映されてたような気もするんだがな....

つーことで
RepetierからGコードを直接実行するしかない
M502
M500
で工場出荷状態に戻るはず

ちなみに
M502 設定を工場出荷状態に戻す(この時点ではEEPROMには書き込んでない)
M500 現在の設定をEEPROMに書き込む
って内容だ。