何年も前からxmegaでI2C使ってるけど、そのビットは使ったことが無いです。
たぶんどちらもDMAとかハードで処理させるため、あるいはその前処理のトリガとして必要になったんだと思う。
普通に割り込み駆動する分には大したメリット無いんじゃないでしょうか。