>>422
たとえば
現:GTTCTTTCATGGGG
ネ:AGTTCTTTCAAGGGG
となってるとした場合ってことですね。
コドンは考えずにテキストファイルとして純粋に文字列の一致率の高い部分を検出するロジックを考えてみます。
例えばですよ。
10の文字列を2つ引数として、それをコンペアして一致率を返り値とするサブルーチンを作っておいて、
「現」の1文字目から10文字と、「ネ」の1文字から10文字目までを放り込む。
すると当然ズレてるから一致率の20％が返り値となりますね。
次は「現」の文字の位置はそのままで「ネ」のポインタを進めて2文字目から10文字をそのサブルーチンに入れます。
今度は一致率は90％になります。
仮にここでも一致率が低ければ「ネ」側のポインタをもう一文字進めます。
ひたすらポインタを進めていって近似している場所を探します。
「現」側の文字列と一致率の高い文字列を「ネ」側から探し出すことはこうして可能です。
これで「現」と「ネ」の一致率の高い部分の頭が決まりましたから、
そこからはどこまで一致率が高い状態を維持し続けるかで、
その「固まりの大きさを検出すればいいでしょう。
もし、どこにもなかった場合は、「現」側のポインタをずらします。

ざっとロジックを考えました。
もちろんこの文字数は少なすぎるでしょう。
文字数をどのくらいにするのか、
また、一致率が高いとする閾値を何％にするのか？という問題もあります。
ココらへんは試行錯誤でしょうね。
もちろん、今考えた思いつきに過ぎません。文字列比較の力技です。
賢いプログラマーさんなら効率的なロジックを考えるでしょうね。
サブルーチン内である程度のズレチェックもさほどむずかしくないと思われます。
ま、要はCPUぶん回せばなんとでもなる、ってことです。