みなさん抗生物質は処方されます？

自分は咳喘息で治療中
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吸入や咳止め処方で1ヶ月でほぼ直る
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風邪引く
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薬は切れてるので咳がまた出始めて
そのうち喉チクチクゲホオエーコース
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受診したら咳の性質がこの前と違って痰多めで風邪もガッツリ混じってる
とのことで抗生物質を朝晩1コずつ×二週間分処方
（吸入と咳止めも処方）

となったんですが、今はすっかり風邪は良くなって咳自体も下火になりました
でも二週間も抗生物質を飲まないといけないのが何か嫌で…
処方された分はしっかり飲みきらないといけないんでしょうか？
抗生物質の飲みすぎは良くないとか、腸内フローラとか全滅しちゃうっていうじゃないですか