>炎症部分は喉ではなく鼻なのに

鼻炎なの？ 上咽頭炎ではなく？

932ではないですが。
強いストレス感じると炎症がひどくなり、37度くらいの微熱くらいまでですが熱が上がり、のどちんこの裏側が腫れます。
咽頭痛はないですが、上咽頭炎に特有の頭痛（こめかみの辺りの側頭痛や目の奥あたりの顔面痛など）が激しくなります。
ただ、

>自律神経を整えたらましになったり治る

というのは、ちょっとない、と思います。

例えば、ストレスによって自己免疫力が下がり、風邪の引き始め同様に上咽頭炎を引き起こす。
そのままストレスを受け続け、炎症にも気づかないまま慢性化。
さらには、上咽頭炎の悪化によって自律神経系を乱していくんだと思ってます。

つまり、ストレスと自律神経（や免疫力）、ストレスと上咽頭炎、あるいは自律神経と上咽頭炎は密接に関係していますが
それぞれちょっと違うってこと。

そもそも、自律神経を整えるって、具体的かつ効果的な方法ってないと思いますし、
まずは炎症（上咽頭炎）を抑え、治すってことで良いんだと思います。
自律神経を整えれば炎症（上咽頭炎）が治るっていうのは機序として違うと思いますよ。

あ、たまに整体なんかでそういうのを謳っているところがありますが、どうなんでしょう？
そちらは、体験された方にお願いします。