統一契約書に47条がないから野球協約の47条のことだよね。
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第４７条（特約条項）統一契約書の条項は、契約当事者の合意によっても変更することはできない。
ただし、この協約の規定及び統一契約書の条項に反しない範囲内で、統一契約書に特約条項を記入することを妨げない。”

別に複数年契約が生きたまま横浜移籍して横浜年俸負担が当然の話に見えるけど、確かにうｒｌ貼った記事の内容見ると
”複数年契約中の選手のトレードは極めて異例。清水の来季年俸２億８０００万円を横浜が全額負担することで合意した。”
わざわざ合意したって一文入れてるのはもってまわった変な表現だね。

深く考えすぎる必要はないようにも思うけど、改めて指摘されると確かになんだろうなあ？