分子進化の中立説というのは
a. 表現型に顕れないこと、
b. 表現型に顕れてもそれが対立遺伝子同士で適応上の利得の差がないこと、
つまり中立であること、
を前提としたものでしょ。

一方、ダーウィンの自然選択説というのは
a. 表現型に顕れること、
b. 表現型に顕れた対立遺伝子の間に適応上に利得の差があること、
つまり中立でないこと、
が大前提になっている。

だから、一目瞭然、中立説は自然選択説と争うところがない。
ネット上でもよく書かれているように、
中立説を自然選択説それ自体への「反証」として例示するのは正しくない。