そもそも判らない自然のありようを、一部を実験、一部を慣例から予測される数式、一部を対称性など他の現象や物質からの想定で埋めていくのが科学だよ。
穴だらけどころか床もないところに、判ること、皆でここまでは正しいと思える共通認識を積み上げていくもの。
穴があるのは当たり前で、それが嫌なら(宇宙の全体解明まで根本原理は出ないとされる)電磁気を使って生活するなって話。