設定に迷ったら原本捨てずにとりあえずスキャンして読む。
原本確保でリテイクできるとなれば気が楽だしね。
もう設定で悩むこと無くなったころに原本捨てればいい。

100冊もスキャンすれば拘りと妥協のバランスも落ち着いてくるでしょう。

スキャナによってはOCR用のプリセットで2値になるものもあるけど、
透明テキストのOCRなPDFなら読むのはあくまでも画像の方なので
読みやすい画像優先でいいと思う。