印刷中途で色が変わるのは珍しいと思うけど
個人的な体験ではPLAを240℃(極小径ノズル使った時)印刷した場合にフィラメントに混ぜてある顔料が流動したのかスロート内で分離したのか色味が変わったことがあるよ
黒色のフィラメントが灰色っぽくなった
印刷速度を全面的に遅くしてみたら？