>はんだ付けなんて1秒実行2秒休みくらいだから過渡期といってもすぐに終わるはず

1秒実行2秒、の3秒周期ををあなたが想定していたとします。
それなら100Wをかけていても10℃の温度差にならないのですか？

↓これは3秒周期ではんだ付け。温度はコテ先で測ったものですよ。
https://www.hakko.com/japan/products/hakko_fx600/imgs/fx600_1.jpg
コテ先温度は50℃近く下がっています。

自分でも同じようなことをやってみるといいのですが、このようなハンダ付けの最中でも
ヒーターランプが点灯しっぱなし、ということではなく、点滅しています。点灯のデューティは高くなりますが。