2009年は第2回WBCの日本代表に選出された。
1次選考選手発表の際にイチローは片岡易之・岸孝之らと共に「（選ばれれば）日本代表のキーマンになる3人」と語った。
大会では2番遊撃手として出場、チームトップの打率.364、出塁率.516、7打点を記録して日本代表の大会2連覇に貢献。
ペナントレースでは開幕から25試合本塁打がなかったが、6月21日のヤクルト戦で通算100本塁打を達成
オールスターゲームに選手間投票によって選出され5度目の出場。第2戦でファウルボールを観客席に突っ込んで捕球するなどしてベストプレー賞を受賞し、「守備で賞を頂けたことがうれしい」とコメント。
主に3番遊撃手としてリーグで唯一全試合フルイニング出場してシーズン後半には故障した中村剛也の代わりに4番打者も経験
2年連続3割20本塁打20盗塁（史上5人目）、自己最多の92打点、173安打で自身初の最多安打、出塁率.398で2年連続となる最高出塁率のタイトルを獲得し、2年連続でベストナインも受賞
遊撃守備では初めて守備率.980台をマーク

原巨人の巨大戦力の恐ろしさを味わいなさいｗ