既出だがニホンオオカミが犬と交雑した形跡自体は存在する
http://www.zoology.or.jp/news/index.asp?patten_cd=12&;page_no=297
>このニホンオオカミの系統に近いサンプルとして紀州犬一頭とハスキー犬一頭が検出された。
>この2頭のmtDNA配列は、ニホンオオカミと極めてよく似たmtDNA配列を有していた。

比較のため犬の遺伝子も色々調べた中で
ニホンオオカミと似たmtDNA配列を持った犬が紀州犬とハスキー犬各一匹づつみつかったよという話で
紀州犬とハスキー犬という犬種全般にニホンオオカミの遺伝子が受け継がれてるというわけではない

各地の様々な日本犬の遺伝子をもっと調べれば、ニホンオオカミの遺伝子を受け継ぐ個体は
さらに見つかるかもしれない