哺乳類と爬虫類（含む鳥類）からなる羊膜類というのは今のとこ、単系統と認められてる。
形態解剖学や化石や遺伝子上でもそれは支持されてる。
逆に否定する要素は見いだせていないのだ。
ほぼ同時期に羊膜をもった系統が別々の系統として異なる祖先から出たという可能性は限りなく低いし。

というか現生両生類こそ単系統か疑わしい。
アシナシイモリ類なんかはかなり原始的で、
カエル・イモリ類なんかは実は羊膜類により近いのでは？なんて説まである。
おそらく、これも遺伝子解析等で近いうちにより明らかになっていくことだろう。