ハイギョは他の魚類と同様に鰓（内鰓）を持つだけでなく、
幼若個体は両生類と同様に外鰓を持っている。ネオケラトドゥスを除く。
外鰓は成長すると退縮する。内鰓は主に二酸化炭素の放出を行う。
成長に伴って、ネオケラトドゥスでは１室、プロトプテルスでは２室の肺が発達し、
酸素の取り込みの大半を肺に依存するようになる。
レピドシレンの肺呼吸と外鰓の退縮の開始は孵化後7週間程度とされる。
そのため、数時間ごとに水面で息継ぎしなければ溺死してしまうが、天敵のハシビロコウは、
このハイギョの空気呼吸の習性を狙って、水面に出てきたところを待ち伏せして捕食する。
気管の入口には声帯があるため、空気中で刺激を受けると鳴くことがある。