扁形動物の系統は今見直しされている
渦虫綱の無腸目(Acoela)と皮中神経目(Nemertodermata)は
より原始的なグループであろうと扁形動物から外されて独立
残りは単系統になるようだ

系統は大きく小鎖状類(Catenulida)と有棒状体類(Rhabditophora)
の2系統に別れ、有棒状体類の分枝の一つから
条虫綱（サナダムシ）+吸虫綱（カンテツ）+単生綱（フタゴムシ）という
寄生オンリーの単系統群が出ている