さーて、怨恨と罵倒を覚悟で書いてみましょうか？
外来種は基本的に３つのタイプに分ける事が出来るんじゃないかな？

タイプ１）在来種を大量に食害したりニッチを奪うなど、破滅的な影響を与える。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%96%E3%83%AB%E3%83%BC%E3%82%AE%E3%83%AB
ブルーギルとかブラックバスが典型例・在来種と交雑しないので殲滅戦を招き寄せる
カダヤシVSメダカは似ているが交雑不可能なのでメダカは滅ぼされる可能性が高い。

タイプ２）在来種と競合しないので、困る事はない
これは気にする必要はない。

タイプ３）在来種と交雑するので将来的には融合
http://www.epcc.pref.osaka.jp/afr/fish/tenji/sakana/sakana/barahikaku.html
ニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴは全然似ていないが（外見上は完全に別種）
どんどん交雑するので将来的には融合する（穏便な解決可能）
オオサンショウウオなんかもそういうコースを辿ると思われる。

一部の連中は危険な外来種と安全な外来種をごっちゃにしてるから
冷静な対処が出来ないんじゃないの？