買収されていない部門なんて管理、総務、社長室、情報システムくらいか？
インデックスのセガからゲットした大金で返済し残りの債務は債権者に諦めてもらい、休眠するか会社精算で終了だろ。

あとは粉飾に関わった取締役や社員の刑事、民事での責任追及がポイントだろうな。