東方紅魔郷3D再現版
ZUNにより「○○風原作再現」は無償・有償関係なく二次創作の域を超えNGとの通達があり公開停止
東方は二次創作に比較的寛容であるが、駄目なものは駄目なのである

MQMA3
権利者により「著作権（キャラクター）」「商標権」侵害の警告を受け、公開及びサービス停止
商標登録されている作品の名を使ったこと、登場キャラクターこそ東方だが他はほぼ元ネタのままであったのが理由であろう

幻想の輪舞 (同人版)
権利者は同ゲームを「法人として商売しているのでなく、個人でファン活動としてやっているものであれば黙認」する姿勢であった
しかし、別企業から関連商品が展開されるとその域を超えるとして発売中止を要求
協議の末に同人版は廃盤となった

幻想郷闘乱記
権利者に無許可で発売強行、権利者からの訴えで販売中止を宣言するも売り逃げる気満々であった
ZUNもこの事件を示唆するツイートを残す事態に発展
その後も騒動が続いた