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ttp://mmh.banyu.co.jp/mmhe2j/sec05/ch073/ch073b.html
によると筋ジスは伴性劣性遺伝ですから、
父親のはいとこ婚とは関係ないですね。
付け加えておくと、あなたが女性なら子供は男なら確率半分で筋ジスになるはずです。