私も音源コレクターです。
CD、アナログレコード、カセットテープ、短冊型8センチ・・。
3年前に現在の部屋に越して来た際課題となったのが、
「この狭い部屋にどうすっきり音源を収めるか？」でした。

出した結論が（ありがちかつ貧乏くさいですが）ベッドの下に収納するというもの。

そこで私が目につけたのが、近所の家具屋さんで見つけた定番のこれ↓
http://www.atomlt.com/08onlineshop/luminous/lumi_op_RDB-8343.html

寝室に合わせてベッドフレームをフルオーダーし、下に260センチの空間を確保。
その下にこのデニムボックスを6個収めてます。
それら6個はそれぞれ以下のようにカテゴライズされています。
1.男性ソロ（リリースが続いてる歌手、活動休止及び死亡した歌手も含む）
2.女性ソロ（上と同じ）
3＆4.既に解散し、もう音源が出る可能性がないバンド。
　　（でもバンドによって、コンプリートやらライブ盤が出るからこの2箱にはどんどん増える）
5.活動中。リリースが続いてるバンド。
　　（好きなバンドの解散が相次いでいるので、ここから3＆4に移動するCDが頻繁）
６．デモCD-R、デモテープ、オムニバス、8センチ短冊。自作。
　　特別好きなアーティストではないが、内容が良かった為所有してるもの。

アナログ盤とDVD、書籍などは別室となる5.5帖のサービスルームに収納しています。

音源には紙ジャケ、コンプリート、BOXセットなどいろんな梱包方法があります。
私も>>24さん同様「ケースも含めて一枚の作品」と思っているので、
思い入れのあるアーティスト以外はケースを捨てるつもりは一切ありません。

ちなみにフラッシュ・ディスク・ランチと同じようにプラケースを捨てるのは、
奥田民夫、ヒロト、もとプリプリの加奈ちゃん、もとミッシェルのチバ、ピーズのハル等もやってます。
自分の知り合いのバンドでも自分達の出した初回盤はそのまま保管し、
他のアーティストのものはケース捨てる人達が多いです。

プロ、音楽に特化した職業の人、リスナー問わず、音楽好きにはCDの収納方って本当に頭を悩ませますね。