生物分解系のバイオ系の消臭剤を使うか
ミョウバン水を使うとかとなると思うのだけど
畳そのままだとどんどん染みこんでいってしまうので
なん分割化できる防水効果のあるござを使うのはどう？
普段は拭いて、汚れが目だっようになったら洗ってしまうと言うのも手ではないかと。

自宅に人がいない間は
なれるまで大変だったけど
最終的にはオムツをはかせたりもしていたよ。