新しい畳の匂い（イグサの匂い）のことだとしたら、むしろ良い匂いだと感じる人の方が多いから、そのままでいいと思うけど。
古い畳が臭うのだとしたら、古いお茶っ葉を撒いて箒で掃くとか重曹を撒いて掃除機かけるとかしてみ。
一部分だけ強く臭うのなら、そこだけアルコールで拭いてみてもいいし。
元々畳って古くなっただけで悪臭を放つものではないから、臭いの元を断たねばならんと思う。