私の考えとしては、例えば食物繊維ですが、
炭水化物６割 他２割という、元来食物繊維の多い食性から形成された腸内細菌叢、
食物繊維を利用するけど菌が増えるわけですから、これに食物繊維が必要という意味ではないかと。
これは食事の際の食べているもので変化する。ならば
食性を変更すればそれに見合った腸内細菌叢が形成されるのではないでしょうか。

ビタミンもそうですが、例えばb1を多く含む玄米なら、これ糖代謝の栄養素ですよね。
糖を摂らなければ敢えて玄米を食べる必要性もないですし、他の栄養素も玄米でしか取れないわけでもないですしね。

糖を摂るからマイナスからのスタートになるだけで。