あなたが言う打ち消された波のエネルギーはどこへ消えるんですか?
エネルギー保存則的にもおかしくないですか?

例えばとある原子Aについて考えましょう。
原子Aは止まってるように見えますが、微小振動してます。
1秒間に信じられないほどの回数振動してます。
簡単に言えばその時間的な細かさ(分解能)が複数の振動の情報を保存してる。理解できますか?
波の重ね合わせの正体はそれです。