文部科学省によると、国際卓越研究大学の申請があったのは「早稲田大学」、東京工業大学と東京医科歯科大学が統合を目指している「東京科学大学（仮称）」、「名古屋大学」、「京都大学」、「東京大学」、「東京理科大学」、「筑波大学」、「九州大学」、「東北大学」、「大阪大学」の計10大学です。