要するに文科省は

大学運営しっかりしろ！
事務作業も効率よくやれ！
教育もしっかりやれ！
研究もしっかりやれ！
お前ら工夫が足りない！
成果が出た場合は俺らの手柄
成果が出ない場合はお前らの責任
研究費？お前ら自分で稼げ
俺らは常に正しい政策をやっている。お前らは何やってやがるんだ！？
お前らの大学の運営費交付金減らすぞ、ゴルァ！

という主張だろ