国立大は独法なので、人件費ではなく、運営費交付金として交付しているのでは。

卓越研究員の採用実績に応じて、文科省が運営費交付金の配分を増やせば良いだけ。

全大学の交付金額が変化しなければ財務省も文句は言えない。というか東大に優先配分されるのは歓迎される。