高校物理の考え方について質問したいです

物体が持つ運動エネルギーの大きさを求めたいのですが
左から右に直線運動する物体Aがコース上にある物体BにぶつかってBに対して仕事をするとします
このAの運動エネルギーの大きさを考える際何故か参考書にはAがBに加えた力Fの反作用−Fについて注目して−F＝maと言う方程式を作っています
AがBに対してする仕事と言うのはBから受けた力とAの変位の積として求めるんですか？
それではまるでBからAにした仕事の様に見えるんですが
何故Fの反作用を考えるのかが分かりません