近年になって、これまで信者に対しては「離脱の神意」の中で、
教祖岡田茂吉（故人）が小山美秀子に離脱を指示したように伝えられてきたが、
実はそうではなく、信者には全く知らされていない一霊能者の「お告げ」に
よって離脱が決められたことが明らかとなり、それを知った信者が
神慈秀明会を離れる動きも出てきている。

名目上、神慈秀明会は岡田茂吉を教祖としているが、
実際には２０００編あると言われている岡田茂吉の教えの内、
信者に公開しているのはその内の１００編（５％）だけである。

神慈秀明会にとって都合の悪い教え、
特にカルト的教義や運営方法を戒めるような
岡田茂吉の教えは一切公開しておらず、
信者が真に岡田茂吉の精神に近づくことはできない。

実質的運営方針は小山美秀子の考えた方針に従って運営されており、
「小山教」と呼ぶ人もいる。