＞また、波と風にも喩えられるようですが、風が静まれば波も無くなり、水は鏡面のように姿を写すのです。

この波と水は勿論、別物ではありませんよね。
まさに煩悩と菩提の関係に比せられる訳です。

で、水と波の関係って事なんです。
収まった水面と波の関係ではないって事なんです。

これはつまり、収まった水面が菩提ではないって事を謂ってると思うんです。