もうこれまでに言及されていることだとは思いますが、

進化過程の数理モデルによる進化現象の一般化は、非経験的な（観察事実が必要ない）数学的真理だから、
トートロジーを含みます。
ところが、そもそもダーウィン進化論の二つの主要な命題は歴史的な仮説です。
・ あらゆる生物は類縁関係にある
・ 自然選択が、生物多様性の主要な原因である
つまり、
A「現在観察される生物体が生き残っているのは、それらがかつて最適者であったから」(適者生存）
という言明は、
B「現在の生物集団の形質は祖先の集団に由来しており、その形質が祖先集団の変異体の中で最も適応度が
高かったから」（非トートロジー）という意味内容を含んでいるので、
理論全体から見れば、その一部にトートロジーを含んでいると理解すればいいだけでは。

注）Bはドリフトや移住などを含めれば自然選択は原因の一部