クルアーンの5章32節は独立して読むのではなく続く5章33節と合わせなければ意味を理解できない。

「神は人を殺すなとイスラエル人に命じたがイスラエル人は従わなかった。よって、神に従わないイスラエル人を殺傷するか追放するかせよ」 というのがクルアーンの正しい読み方だ。

5章32節・33節の連なりはユダヤ教徒を殲滅する正当性が示された章句であって、非ユダヤ教徒であるムスリムが5章32節に従う必要などないのだ。
5章32節で人を殺めてはいけないとの命令をうけたのはあくまでユダヤ教徒であって、アラブやムスリムへの命令ではないのである。
ムスリムは神に代わってユダヤ教徒を殺し放題ということだ。


http://www.way-to-allah.com/jp/quran/5.htm#32
32. そのことのためにわれはイスラエルの子孫に対し,掟を定めた。
  人を殺した者,地上で悪を働いたという理由もなく人を殺す者は,全人類を殺したのと同じである。
  人の生命を救う者は,全人類の生命を救ったのと同じである(と定めた)。
  そしてわが使徒たちは,かれらに明証を(蒼?)した。だが,なおかれらの多くは,その後も地上において,非道な行いをしている。

http://www.way-to-allah.com/jp/quran/5.htm#33
33. アッラーとその使徒に対して戦い,または地上を攪乱して歩く者の応報は,殺されるか,または十字架につけられるか,
  あるいは手足を互い違いに切断されるか,または国土から追放される外はない。
  これらはかれらにとっては現世での屈辱であり,更に来世において厳しい懲罰がある。