勿論、個人によって履修してる科目とかは違うと思いますが、
概して、書類の段階で、異なる学部専攻は、トップクラスの院では
敬遠される、という意味です。さらに、履修してます、だけではなく
GPAなども、高いものを求められるでしょう。トップ10でも50でも、
大差はないけど、いわゆる一流どころ、の意味で書きました。

勿論、トップ50とか100とかに、世界的な研究者はいます。ただ
専攻全体がトップランキングにのる大学院プログラムというのは、
一人や二人ではなく、教科書に出てくるような研究者がわんさかいる
という意味で、そういうところでは、教授との研究興味が合致しても
基礎学力の意味で、不安がられ、けられる可能性は大いにあります。

トップクラスでは、大学院に入って勿論、基礎コースもとることに
なりますが、StipendつきのところではTAの仕事などが入って
くるので、学部で同じ専攻だと使いやすい、などという付加的要素も
出てくるかと思います。